Markus Trunschke absolvierte sein Bachelorstudium in Volkswirtschaftslehre an der Universität Mannheim mit den Schwerpunkten in Mikroökonomie und angewandter Ökonometrie. Darauf aufbauend studierte er an der KU Leuven im Masterprogramm Volkswirtschaftslehre und spezialisierte sich im Schwerpunkt Wirtschaftsforschung. Seit Oktober 2017 ist er wissenschaftlicher Mitarbeiter im ZEW-Forschungsbereich „Innovationsökonomik und Unternehmensdynamik“. Zeitgleich promoviert er an der KU Leuven zu den Themen Innovation und Produktivität in Verbindung mit Produktionsfunktionsschätzung. Nebenbei unterrichtet er Fortgeschrittene Volkswirtschaftslehre für Bachelorstudierende an der Dualen Hochschule Baden-Württemberg (DHBW) Mannheim.
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Researcher